害獣駆除の補助金・助成金制度まとめ【2026年版】
害獣駆除の費用は、被害の程度や害獣の種類によって3万〜50万円以上と幅があります。 この費用を少しでも抑えるために活用したいのが、自治体の補助金・助成金制度です。
結論からいうと、害獣駆除の補助制度は自治体ごとに大きく異なります。 全国47都道府県を調査した結果、県レベルで独自の補助制度があるのは22都道府県、 残りの25県は市区町村単位での対応となっています。 制度の内容は主に「捕獲報奨金」「防除資材の購入補助」「箱罠の無料貸出」の3タイプに分かれます。
害獣駆除の補助制度は3タイプ
① 捕獲報奨金タイプ
有害鳥獣を1頭捕獲するごとに報奨金が支給される制度。 アライグマ1頭あたり1,000〜4,500円が相場。 主に猟友会員や捕獲許可を持つ方が対象ですが、自治体によっては一般市民も申請可能です。
② 防除資材の購入補助タイプ
電気柵・防獣ネット・捕獲わな等の購入費用の1/2〜2/3を補助する制度。 上限5万〜15万円が一般的。 多くは農業従事者が対象ですが、一部自治体では一般世帯も利用可能です。
③ 箱罠の無料貸出タイプ
市区町村がアライグマ・ハクビシン用の箱罠を無料で貸し出す制度。 最も多くの自治体で実施されています。 ただし、罠の見回り・捕獲後の処理は自己責任となる場合が多く、 高齢者世帯では実質的に利用が難しいケースもあります。
注意点として、多くの補助金制度は「農業被害の防止」が目的であり、 一般住宅の天井裏に侵入したハクビシンやアライグマの駆除費用（業者への依頼費）を直接補助する制度は まだ少数です。ただし、確定申告の「雑損控除」を活用すれば、駆除・修繕費用の一部を税金から還付できる場合があります。
個人住宅でも使える注目の制度
全国的に見ると少数ですが、以下の自治体では個人住宅の害獣被害にも適用できる制度があります。
都道府県別の補助金・助成金制度一覧
以下の表で、お住まいの都道府県の制度を確認できます。 各都道府県名をクリックすると、市区町村ごとの詳しい制度内容・問い合わせ先を確認できます。
北海道
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 北海道 | ✅ あり | 北海道では、エゾシカやヒグマ等の農作物被害防止や市街地出没に対応する「エゾシカ被害防止対策補助事業」等の制度を整備しています。札幌市では鳥獣被害防止計画に基… |
東北
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 秋田県 | ❌ なし | 現時点で県レベル of 独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。横手市等では農地を対象とした手厚い電気柵等導入補助（… |
| 青森県 | ✅ あり | 青森県では農業協同組合や継続的な活動を行う農業者団体を対象に、捕獲わなや侵入防止柵、ICT機器の導入経費を補助する「鳥獣被害防止対策実践支援事業費補助金」（… |
| 福島県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。いわき市でアライグマ・ハクビシンの適法な捕獲に対する報償金… |
| 岩手県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。盛岡市などで住宅向けの中型動物（ハクビシン）用はこわなの貸… |
| 宮城県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。仙台市等では各区役所がハクビシン等の鳥獣捕獲等許可の申請受… |
| 山形県 | ✅ あり | 山形県では「鳥獣被害防止総合対策交付金」に県独自推進枠を上乗せ。捕獲活動や防除柵整備、ハクビシン等1頭1,000円の緊急捕獲等を市町村経由で支援。山形市では… |
関東
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 千葉県 | ✅ あり | 千葉市では防除装置設置費の5/10（上限5万円）が補助されます。印西市・成田市でも費用の1/2補助があります。 |
| 群馬県 | ❌ なし | 群馬県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 茨城県 | ✅ あり | 常陸大宮市では有害鳥獣対策物品購入費の1/2（上限5万円）が補助されます。県内各市で箱罠の貸し出しも実施されています。 |
| 神奈川県 | ✅ あり | 神奈川県では捕獲活動支援があり、箱根町では防護柵購入費の1/2（上限1.5〜2万円）が補助されます。各市でアライグマの箱罠貸し出しが実施されています。 |
| 埼玉県 | ✅ あり | 埼玉県内では11市町村で空き家対策に関連した害獣対策補助があります（小川町・春日部市・北本市等）。また各市で箱罠の貸し出し・捕獲支援が実施されています。 |
| 栃木県 | ✅ あり | 栃木県では報奨金の上乗せ制度（1,000円〜）があります。鹿沼市では国・県・市を合算した報奨金制度が整備されています。 |
| 東京都 | ✅ あり | 東京都では農作物被害防止を目的とし、電気柵や防護柵、電線を組み合わせた複合柵の資材費を上乗せ補助（上限15万円、市区町村/JA窓口）しています。一般の住宅は… |
中部
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 愛知県 | ❌ なし | 愛知県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 福井県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。福井市等で中型獣に対する被害相談・罠貸与が行われています。 |
| 岐阜県 | ✅ あり | 岐阜県では「地域ぐるみの被害防止活動支援事業」（総額6,900万円規模）により、野生鳥獣の捕獲、追い払い、侵入防止柵設置等の地域ぐるみの被害防止活動を上乗せ… |
| 石川県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。白山市でクマ出没防止の果実採取・支障木伐採補助（1/2、上… |
| 三重県 | ❌ なし | 三重県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 静岡県 | ❌ なし | 静岡県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 富山県 | ❌ なし | 現時点で県レベルの独自補助金制度は確認できていません。市区町村の窓口に個別にお問い合わせください。富山市等で農業者向けの防護柵資材購入補助（1/2、上限5万… |
甲信越
近畿
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 兵庫県 | ✅ あり | 兵庫県内では市町村ごとに充実した補助制度があります。加東市ではアライグマ等の捕獲報奨金3,000円/頭に加え、檻購入費の1/2（上限1万円/基）が補助されます。 |
| 京都府 | ❌ なし | 京都府では農作物被害対策が主な支援対象です。住宅向けの直接補助は確認できていませんが、市町村窓口で相談を受け付けています。 |
| 奈良県 | ❌ なし | 奈良県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 大阪府 | ✅ あり | 大阪府ではアライグマ捕獲に対し1頭あたり1,000円の報奨金制度があります。大阪市でも同等の支援が実施されています。 |
| 滋賀県 | ❌ なし | 滋賀県ではシカ・イノシシ対策が中心で、中小型害獣向けの直接補助は確認できていません。市町村窓口への相談を推奨します。 |
| 和歌山県 | ❌ なし | 和歌山県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
中国
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 広島県 | ✅ あり | 広島県内では市町村ごとに補助制度があります。廿日市市では防護柵・用具の購入費1/2（個人上限7.5万円・団体75万円）が補助されます。 |
| 岡山県 | ✅ あり | 岡山県内では吉備中央町で捕獲・防護支援（上限3万円）があるほか、市町村ごとに個別の支援制度があります。 |
| 島根県 | ✅ あり | 島根県内では充実した市町村補助があります。出雲市では檻購入費の2/3・柵購入費の1/2（上限15〜30万円）が補助されます。津和野町では2万円/頭の報奨金が… |
| 鳥取県 | ✅ あり | 鳥取県はアライグマ捕獲5,000円/頭・ヌートリア1,500円/頭の報奨金があり、全国でもトップクラスの支援水準です。 |
| 山口県 | ❌ なし | 山口県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
四国
九州
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 福岡県 | ❌ なし | 福岡県では県レベルの住宅向け害獣駆除補助制度はありません。ただし市町村ごとに個別の支援制度が存在する場合があります。 |
| 鹿児島県 | ❌ なし | 鹿児島県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 熊本県 | ✅ あり | 熊本県では有害鳥獣捕獲奨励金制度があり、1頭あたり上限10,000円が支給されます。農業被害を中心とした制度ですが、住宅近隣での被害相談も受け付けています。 |
| 宮崎県 | ❌ なし | 宮崎県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 長崎県 | ❌ なし | 長崎県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
| 大分県 | ✅ あり | 大分市では害獣対策の資材購入補助があり、費用の1/2〜2/3（個人上限5万円）が支給されます。防護柵や捕獲器具が対象です。 |
| 佐賀県 | ❌ なし | 佐賀県では県レベルの害獣駆除補助制度は確認できていません。市町村窓口への個別相談を推奨します。 |
沖縄
| 都道府県 | 県レベル制度 | 主な支援内容 |
|---|---|---|
| 沖縄県 | ✅ あり | 沖縄県では在来生態系や住民の安全を脅かす「タイワンハブ」等外来生物の防除・探索捕獲、安全確保に資する「沖縄県外来種防除活動支援補助金」を民間防除団体等へ交付… |
害獣駆除を市役所に相談する方法
「コウモリが天井裏にいる」「アライグマが庭に出る」といった害獣被害が発生したら、 まずお住まいの市区町村の窓口に相談しましょう。担当課は自治体によって異なりますが、 一般的には以下のいずれかです。
環境課
野生動物の相談全般
農政課・農林課
農作物被害・補助金
生活環境課
住宅周辺の被害
市役所で対応してもらえること
市役所では、被害状況の確認とアドバイス、箱罠の無料貸出（アライグマ・ハクビシン等）、 捕獲許可の発行といった対応が受けられます。 コウモリは鳥獣保護法で捕獲が禁止されているため、対策のアドバイスや専門業者の紹介が中心です。
市役所では対応できないこと
天井裏の害獣の追い出し、糞尿の清掃・消毒、侵入口の封鎖といった実際の駆除作業は、 市役所では行っていません。これらは専門の駆除業者に依頼する必要があります。 費用は被害の程度によって5万〜30万円程度が目安です。
補助金の申請手順（一般的な流れ）
自治体によって異なりますが、一般的な申請手順は以下の5ステップです。
市区町村の環境課・農政課に連絡し、補助制度の有無と申請条件を確認します。
補助金申請には見積書が必要です。無料見積もりの業者に依頼しましょう。
申請書・見積書・被害状況の写真などを窓口に提出します。
補助金の交付決定通知を受けてから業者に依頼します。事前着工は補助対象外になる場合があるので注意してください。
工事完了後に報告書・領収書を提出し、補助金が振り込まれます。
補助金がない場合に費用を抑える4つの方法
① 複数の業者から見積もりを取る
害獣駆除の費用は業者によって大きく異なります。 最低でも2〜3社から見積もりを取り、作業内容と費用を比較してから依頼することで、適正価格で駆除できます。 見積もり・現地調査が無料の業者を選ぶのがポイントです。
② 早期発見・早期対応
害獣被害は放置するほど深刻化し、費用も膨らみます。 屋根裏の異音や糞の発見など、初期段階で対応すれば5万〜10万円程度で済むケースが多いですが、 長期放置すると断熱材交換や天井修繕で30万円以上になることもあります。
③ 火災保険の適用を確認する
害獣による建物被害（天井の腐食・配線の断裂など）が火災保険の補償対象になるケースがあります。 加入中の保険会社に「動物被害」が適用されるか確認してみましょう。
④ 確定申告の雑損控除を活用する
害獣による家屋被害の駆除費用・修繕費用は、所得税の「雑損控除」の対象になる可能性があります。 領収書・被害の写真・作業報告書を保管しておき、確定申告時に税務署に相談してください。 補助金とは異なり、全国どこに住んでいても利用できる制度です。
害獣駆除の補助金に関するよくある質問
害獣駆除に補助金は出ますか？
自治体によって異なります。市役所の環境課や農政課に問い合わせると、補助金の有無・申請条件を教えてもらえます。農業被害向けの制度が多いですが、山形市のように個人住宅にも適用される制度もあります。
賃貸マンションでも補助金を使えますか？
害獣駆除の補助金は原則として建物の所有者が対象です。賃貸の場合は管理会社・大家さんが申請者になります。まずは管理会社に相談してください。
駆除した後でも補助金を申請できますか？
多くの自治体では「事前申請」が必要で、駆除業者への依頼前に申請しないと対象外になることがあります。まず窓口に相談してから業者を手配するのが安全です。
市役所に相談すると何をしてくれますか？
主に3つです。①被害状況の確認と対策のアドバイス ②箱罠の無料貸出（アライグマ・ハクビシン等）③捕獲許可の発行。ただし、天井裏の追い出し・消毒・穴塞ぎ等の作業は市役所では対応できず、専門業者への依頼が必要です。
確定申告で害獣駆除費用を控除できますか？
はい。害獣による家屋被害の駆除・修繕費用は、所得税の「雑損控除」の対象になる場合があります。領収書・被害写真・作業報告書を保管しておき、確定申告時に税務署に相談してください。